El segundo proceso es la organización, en este proceso se desarrollan diversas acciones para crear una conciencia social para la creación del club de ciencia y tecnología, ya que la organización del club a través de equipos de trabajo formados por estudiantes(miembros activos), Docentes(miembros adherentes) y profesionales diversos (miembros honorarios), se identifican por un mismo interés, que es el de fomentar la cultura científica en la comunidad educativa y es por ello que comparten un objetivo en común y brindan a la comunidad estudiantil espacios de participación para compartir este objetivo, realizando actividades que enriquecen su experiencia en los campos de la ciencia y la tecnología, a través de la elaboración de un plan de trabajo en donde desarrollen sus propios proyectos en función a las problemáticas de su localidad.

"Promover la organización en los estudiante es clave para crear, implementar y dar sostenibilidad a los clubes de ciencia y tecnología"
En este proceso es adecuado que:
- Los directores de las instituciones educativas públicas y privadas designen de manera democrática, a los asesores principales de los clubes de ciencia y tecnología (uno por cada club), para el proceso de creación, organización e implementación.
- Los asesor de los clubes de ciencia y tecnología designados, promuevan el marco normativo para la formación de clubes en la comunidad educativa (de manera presencial o virtual) y luego registren en un padrón oficial a los miembros activos, adherentes y honorarios que deseen formar parte del club de ciencia y tecnología para su posterior estructuración orgánica de sus funciones a través de su reglamento organizacional.
- Los miembros ya reconocidos en el padrón oficial de los clubes de ciencias y tecnología elijan a través de una elección democrática presencial o virtual a su comité directivo y lo oficialicen por intermedio de un acta oficial de conformación validada por la asamblea.